Das FIWI untersucht den Gesundheitszustand von freilebenden und in menschlicher Obhut gehaltenen Fischen und Wildtieren. Diese Aufgabenstellung beinhaltet:

• Diagnostik von Krankheiten: Das FIWI ist tätig als nationales Referenzlabor für meldepflichtige Fischkrankheiten sowie als nach ISO/IEC 17025 akkreditiertes Labor für infektiöse Krankheiten bei Fischen und Wildtieren.
• Forschung zu infektiösen und nicht-infektiösen Krankheiten: Die Forschungs-schwerpunkte liegen auf Pathogenese, Ökopathologie sowie Epidemiologie und Monitoring.
• Lehre, Ausbildung und Beratung

Das Ziel der Arbeiten am FIWI liegt im Verständnis der Wechselwirkungen zwischen Krankheits-geschehen und Umweltfaktoren. Daher werden in die Beurteilung des Krankheitsgeschehens sowohl veterinärmedizinische Gesichtspunkte als auch ökologische Aspekte mit einbezogen.